Refactor bk-config.sh for improved dependency installation

.github/workflows/R-CMD-check.yaml

@@ -7,7 +7,7 @@ on:
     branches:
       - main
       - master
-      
+
 env:
   GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
 
@@ -20,23 +20,19 @@ jobs:
     runs-on: ubuntu-latest
 
     container:
-      image: rocker/geospatial:4.1.2
+      image: rocker/geospatial:latest
 
     steps:
       - uses: actions/checkout@v3
-      
+
       - name: ls
         run: ls
         shell: bash
 
       - name: bk-config.sh
-        run: sh bk-config.sh
+        run: bash bk-config.sh
         shell: bash
 
       - name: bk-install.R
         run: Rscript bk-install.R
         shell: bash
-
-      - name: new-install.R
-        run: Rscript new-install.R
-        shell: bash

bk-config.sh

@@ -1,94 +1,137 @@
 #!/bin/bash
+# bk-config.sh — pour rocker/geospatial:latest (Ubuntu noble 24.04)
+#
+# Liste des paquets calibrée sur le contenu réel de geospatial:latest :
+# tout ce qui est déjà fourni par l'image (libgdal-dev, libcairo2-dev,
+# libsqlite3-dev, pandoc, etc.) a été retiré pour réduire le bruit.
+# Si l'image change, certains paquets peuvent revenir manquants — c'est
+# alors apt qui te le dira au build.
+#
+# Optimisations :
+# - Détection automatique d'Azure (via wget car curl n'est pas dans
+#   geospatial:latest) → mirror azure.archive.ubuntu.com
+# - Un seul apt-get update + un seul apt-get install consolidé
 
-# Spatial stuff
-apt-get update \
-  && apt-get install -y --no-install-recommends \
-    lbzip2 \
-    libfftw3-dev \
-    libgdal-dev \
-    libgeos-dev \
-    libudunits2-dev \
-    libnode-dev \
-    libcairo2-dev \
-    libgsl0-dev \
-    libgl1-mesa-dev \
-    libglu1-mesa-dev \
-    libhdf4-alt-dev \
-    libhdf5-dev \
-    libfribidi-dev \
-    libharfbuzz-dev \
-    libmagick++-dev \
-    libjq-dev \
-    libpq-dev \
-    libproj-dev \
-    libprotobuf-dev \
-    libnetcdf-dev \
-    libsqlite3-dev \
-    libssl-dev \
-    libudunits2-dev \
-    netcdf-bin \
-    postgis \
-    protobuf-compiler \
-    sqlite3 \
-    tk-dev \
-    unixodbc-dev \
-    imagemagick \
-    libsecret-1-dev
-
-apt-get install -y \
-    libmagick++-dev \
-    libjq-dev  \
-    libv8-dev  \
-    libprotobuf-dev  \
-    protobuf-compiler  \
-    libsodium-dev  \
-    imagemagick \
-    libgit2-dev \
-    xclip
-
-# database ----
-apt-get update \
-    apt-get install -y --no-install-recommends \
+if [ -z "${BASH_VERSION:-}" ]; then
+  if command -v bash >/dev/null 2>&1; then
+    exec bash "$0" "$@"
+  fi
+  echo "ERROR: bk-config.sh doit être exécuté avec bash" >&2
+  exit 1
+fi
+
+set -euo pipefail
+trap 'echo "ERROR: bk-config.sh a échoué à la ligne $LINENO" >&2' ERR
+
+export DEBIAN_FRONTEND=noninteractive
+
+# ---------------------------------------------------------------------------
+# Détection Azure via IMDS. Utilise wget (présent dans rocker) car curl ne
+# l'est pas. Le header `Metadata: true` + le path `/metadata/instance` sont
+# spécifiques à Azure : ne matchera pas par accident sur AWS/GCP qui ont
+# leurs propres endpoints au même 169.254.169.254 mais avec d'autres specs.
+# Override possible via APT_MIRROR=azure / APT_MIRROR=default.
+# ---------------------------------------------------------------------------
+USE_AZURE_MIRROR=0
+
+azure_imds_check() {
+  if command -v curl >/dev/null 2>&1; then
+    curl -fsS -m 2 -H "Metadata:true" \
+      "http://169.254.169.254/metadata/instance?api-version=2021-02-01" \
+      >/dev/null 2>&1
+  elif command -v wget >/dev/null 2>&1; then
+    wget -q --timeout=2 --tries=1 \
+      --header='Metadata: true' \
+      -O /dev/null \
+      "http://169.254.169.254/metadata/instance?api-version=2021-02-01" \
+      2>/dev/null
+  else
+    return 1
+  fi
+}
+
+case "${APT_MIRROR:-auto}" in
+  azure)   USE_AZURE_MIRROR=1 ;;
+  default) USE_AZURE_MIRROR=0 ;;
+  auto)
+    if azure_imds_check; then
+      USE_AZURE_MIRROR=1
+    fi
+    ;;
+esac
+
+if [ "$USE_AZURE_MIRROR" = "1" ]; then
+  echo "Azure detected — switching APT sources to azure.archive.ubuntu.com"
+  # Sur noble, les sources sont en deb822 (.sources). On gère les deux
+  # formats au cas où.
+  for f in /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.d/ubuntu.sources; do
+    if [ -f "$f" ]; then
+      sed -i \
+        -e 's|http://archive\.ubuntu\.com/ubuntu/\?|http://azure.archive.ubuntu.com/ubuntu/|g' \
+        -e 's|http://security\.ubuntu\.com/ubuntu/\?|http://azure.archive.ubuntu.com/ubuntu/|g' \
+        "$f"
+    fi
+  done
+else
+  echo "Non-Azure environment — keeping default APT mirrors"
+fi
+
+APT_GET="apt-get -o Acquire::Retries=5 -o Acquire::http::Timeout=30 -o Acquire::https::Timeout=30"
+
+# ---------------------------------------------------------------------------
+# Liste réduite : uniquement ce qui MANQUE dans geospatial:latest.
+#
+# Ce qui est déjà dans l'image (et donc retiré) :
+# ca-certificates, libcairo2-dev, libfftw3-dev, libfribidi-dev,
+# libgdal-dev, libgeos-dev, libgit2-dev, libgl1-mesa-dev, libglu1-mesa-dev,
+# libgsl-dev, libharfbuzz-dev, libhdf5-dev, libjq-dev, libnetcdf-dev,
+# libnss3, libpq-dev, libproj-dev, libprotobuf-dev, libsqlite3-dev,
+# libssl-dev, libudunits2-dev, libxrender1, netcdf-bin, pandoc, postgis,
+# protobuf-compiler, sqlite3, tk-dev, tzdata, unixodbc-dev,
+# default-libmysqlclient-dev.
+# ---------------------------------------------------------------------------
+
+$APT_GET update
+
+$APT_GET install -y --no-install-recommends \
+  cron \
+  curl \
   default-mysql-client \
-  default-libmysqlclient-dev
-
-# Divers
-apt-get install -y r-cran-rjava cron nano
-
-# Locals
-apt-get install -y tzdata
-apt-get install -y language-pack-fr
-mv /etc/localtime /etc/localtime_backup \
-  && ln -fs /usr/share/zoneinfo/Europe/Paris /etc/localtime \
-  && dpkg-reconfigure -f noninteractive tzdata
-
-
-# Chromium for {pagedown} ----
-
-apt-get update
-
-# TODO these libs are here
-# as they were historically installed for Chrome,
-# but I'm not sure if they are needed anymore, can we remove them?
-apt-get -y install libxpm4 \
-    libxrender1 \
-    libgtk2.0-0 \
-    libnss3 \
-    libgconf-2-4 \
-    xvfb \
-    gtk2-engines-pixbuf \
-    xfonts-cyrillic \
-    xfonts-100dpi \
-    xfonts-75dpi \
-    xfonts-base \
-    xfonts-scalable
-
-curl -LO https://dl.google.com/linux/direct/google-chrome-stable_current_amd64.deb
-apt-get install -y ./google-chrome-stable_current_amd64.deb
-rm google-chrome-stable_current_amd64.deb
-
-# NodeJS
-
-apt-get -y install curl gnupg && \
-    curl -sL https://deb.nodesource.com/setup_14.x   | bash - && \
-    apt-get -y --allow-unauthenticated install nodejs
+  imagemagick \
+  language-pack-fr \
+  libmagick++-dev \
+  libnode-dev \
+  libsecret-1-dev \
+  libsodium-dev \
+  libxpm4 \
+  nano \
+  nodejs \
+  r-cran-rjava \
+  xclip \
+  xfonts-100dpi \
+  xfonts-75dpi \
+  xfonts-base \
+  xfonts-cyrillic \
+  xfonts-scalable \
+  xvfb
+
+# Timezone Europe/Paris (idempotent : -f force, -n no-deref)
+ln -fsn /usr/share/zoneinfo/Europe/Paris /etc/localtime
+dpkg-reconfigure -f noninteractive tzdata
+
+# ---------------------------------------------------------------------------
+# Chrome (pour {pagedown}). Le .deb déclare ses dépendances ; apt résout
+# automatiquement ce qui manque (libgbm1, libxkbcommon0, etc.).
+# ---------------------------------------------------------------------------
+curl -fsSL --retry 3 --retry-connrefused \
+  -o /tmp/google-chrome-stable_current_amd64.deb \
+  https://dl.google.com/linux/direct/google-chrome-stable_current_amd64.deb
+
+$APT_GET install -y --no-install-recommends \
+  /tmp/google-chrome-stable_current_amd64.deb
+
+rm /tmp/google-chrome-stable_current_amd64.deb
+
+# Cleanup
+$APT_GET clean
+rm -rf /var/lib/apt/lists/*